La PCR-SSCP por sus siglas en Ingles de Polymerase chain reaction single-strand conformation polymorphism, es un proceso donde los productos de PCR son desnaturalizados en cadena simples de ADN, luego renaturalizados para favorecer los apareamientos intracatenarios y finalmente analizados en un gel de Poliacrilamida. Con esto, la estructura de cada hebra de ADN de un amplicón adoptará una conformación dada, dependiente de la secuencia nucleotídica, que afectará su migración en el gel. Así dos productos de PCR con diferencias puntuales en su secuencias presentaran distintos patrones electroforéticos de los fragmentos de ADN monocatenarios.